Deteksi Flu Burung Dengan Teknologi PCR

Wabah flu burung yang sering terjadi dapat menimbulkan keprihatinan kita bersama. Data WHO telah mencatat terjadinya kasus flu burung dari berbagai kasus diberbagai daerah dan lebih dari setengah kasus tersebut menyebabkan diantaranya meninggal dunia. Maka dari itu flu burung merupakan penyakit yang membahayakan bagi manusia. Penyakit flu burung disebabkan oleh virus influenza patogenik tinggi (highly pathogenic avian influenza (HPAI). Virus yang dikenal dengan H5NI merupakan virus influenza tipe A dan termasuk kelompok (famili) Orthomyxoviridae pada klasifikasi virus, sehingga sering kali dalam referensi WHO ditulis sebagai virus HPAI A/H5NI. Kelompok ini mempunyai ciri, yaitu berupa RNA utas tunggal negatif.

Ciri lain dari virus H5NI adalah bahwa RNA virus flu burung ini terbungkus dua jenis protein yaitu hemaglutinin (H) dan neuraminidase (N). pada penamaan virus H5NI, angka 5 pada H5 menunjukan sub tipe ke-1 dari 9 sub tipe protein neuraminidase. Menurut WHO, jenis virus influenza pathogenic tinggi terdapat pada virus H5 dan H7 yang berarti virus influenza tersebut terbungkus protein hemaglutinin sub tipe ke 5 atau ke 7.

Dalam beberapa artikel ilmu pengetahuan baru-baru ini salah satu teknik PCR dapat digunakan untuk mendeteksi gen-gen virus influenza yang khas dalam rangka deteksi dini (early date action) dan tindakksn dini (early action). Istilah polymerase chain reaction (PCR) yang awalnya dikenal dalam lingkup biologi molekuler dan bioteknologi dapat diaplikasikan untuk mendeteksi flu burung.

Sehubungan dengan RNA sebagai komponen dasar genetik yang terdapat pada virus flu burung inilah metode RT-PCR yang dipergunakan sebagai metode deteksinya. Untuk “primer” yang digunakan berdasarkan standar WHO saat ini, diperlukan minimal 4 buah, yaitu dua buah untuk melipat gandakan segmen DNA pengkode hemaglutinin sub tipe 5 (H5) dengan menghasilkan produk segmen DNA berukuran sekitar 219 pasang basa sedangkan dua lagi untuk melipat gandakan segmen DNA pengkode neuraminidase subtipe 1 (CN) dengan menghasilkan produk segmen DNA berukuran sekitar 616 bp. Selain itu WHO menambahkan dua buah “primer” untuk digunakan melipatgandakan segmen DNA pengkode hemaglutinin subtipe 9 (H9) yang menghasilkan produk DNA berukuran 388bp.

Deteksi virus flu burung dengan mengkode PCR dapat dilakukan di laboraturiumstandar biologi molekuler atau bioteknologi yang memiliki mesin PCR. Baik di LIPII, perguruan tinggi maupun lembaga penelitian dibawah departemen.

Proses transkripsi RNA
Pada metode RT-PCR ini, sumber sampal yang gdipergunakan adalah RNA. RNA merupakan asam ribonukea utas tunggal. Ciri khas RNA adalah tidak terdapat gugus basa nukleotida timin (T) melainkan terganti oleh urasil (U). Dalam hal ini akan disintesis DNA dari perpasangan antara gugus U dengan C. Dari DNA inilah dilipatgandakannya segmen DNA yang mirip urutan basa nukleotida pada RNA, hanya U tergantikan kembali ke T. Proses yang terjadi ini mirip proses transkripsi, urutan basa nukleotida RNA. Pada RT-PCR, proses ini membalikkan dari RNA menjadi DNA yang disebut dengan DNA komplemen atau disingkat DNA . Karena ada pertambahan proses sintesis DNA, tambahan proses PCR-nya turut bertambah pula. Pada tahap pertama, tidak diperlukan adanya denaturasi, tetapi langsung pada proses anneling untuk memasangkan “primer” dan tension untuk memperpanjangnya menjadi segmen molokul cDNA. Setelah terbentuk molekul cDNA ini, baru kemudian masuk kepada reaksi PCR biasa yang membutuhkan tiga tahap proses, yaitu denaturasi, anneling, dan extension yang kemudian diputar berulang-ulang sampai kelipatan 40 kali.